En cohérence avec la nature de la recherche partenariale, l'unité opérationnelle est le Centre de recherche, centre commun à ARMINES et à l'école d'ingénieurs partenaire, où ARMINES met à disposition ses moyens propres en personnel, en investissement et en fonctionnement, à hauteur du volume d'activité contractuelle.

ARMINES dispose de personnels de statut privé, en particulier des ingénieurs de recherche, des techniciens spécialisés et des personnels administratifs. Ils complètent les effectifs publics des centres de recherche dans le cadre d’une «complémentarité fonctionnelle» entre ARMINES et les écoles qui rend possible une recherche partenariale forte et donne sa cohérence à l'esemble du dispositif.

La recherche partenariale repose en effet pour une grande part sur la mise en oeuvre et l'élaboration de résultats scientifiques au sein de plates-formes expérimentale, métrologiques, informatiques ou logicielles.

ARMINES facilite également la venue de chercheurs, de doctorants et de post-docs étrangers. Elle donne ainsi aux centres de recherche des moyens de développement et d’adaptation à leur environnement.

Chaque centre dispose de sa compétence propre, d'un direction scientifique autonome avec, en matière de gestion, l'objectif de l'équilibre annuel de son compte d'exploitation, tout en inscrivannt son action dans les objectifs stratégiques de son école.

Les centres de recherche communs ARMINES/ école des Mines de Paris fonctionnent toutes dépenses confondues (y compris les salaires) jusqu’à 50% sur ressources budgétaires et à 50% sur ressources contractuelles. Les équipes scientifiques sont ainsi elles-mêmes placées en situation «entrepreneuriale» ce qui constitue une singularité dans le paysage français de la recherche.
L’équilibre entre formation, activité académique et recherche contractuelle est au coeur de la dynamique des centres de recherche.